سراج‌الدین حقانی در ماه‌های اخیر به یکی از منتقدان سرسخت سیاست‌های هبت‌الله آخوندزاده تبدیل شده است. او به‌ویژه در مورد ممنوعیت آموزش زنان، سیاست خارجی طالبان و شیوه حکومت‌داری این گروه، اختلافات عمیقی با رهبر طالبان داشته است.
با وجود انتشار خبر کناره‌گیری سراج‌الدین حقانی، تا کنون خود او در این مورد اظهارنظری نکرده است.
