جواد نکونام از ابتدای لیگ بیست و سوم هدایت استقلال را پذیرفت و تا هفتههای پایانی این تیم را مدعی اصلی قهرمانی نگه داشت اما حواشی و تنشهای میان او و علی خطیر مدیرعامل وقت استقلال تمام عملکرد این مربی را تحت الشعاع قرار داده بود و در نهایت نارضایتی هواداران از نتایج این تیم در فصل جدید باعث جدایی زودهنگام جواد شد.